O Museu Nacional de Machado de Castro possui algumas coleções que, embora importantes, não se integram na lógica expositiva determinada pelas coleções fundamentais que compõem o acervo deste Museu.

Entre os numerosos objetos fabricados em estanho, ferro, latão e ligas de cobre, são peças de exceção duas cruzes processionais medievais, dois turíbulos góticos, os pratos de Nuremberga, algumas caldeirinhas de água benta e ainda um conjunto variado de castiçais. Também é de salientar um extenso e diversificado núcleo de ferragens, no qual se podem incluir alguns elegantes cataventos. A grande maioria destes objetos proveio de conventos e mosteiros extintos após 1834. Alguns foram incorporados depois da demolição da Alta de Coimbra, ocorrida nos anos quarenta do século XX; outros ainda foram adquiridos por compra.

As coleções orientais integram um conjunto de cerca de mil e duzentas peças, a grande maioria reunidas pelo poeta Camilo Pessanha (1867-1926) e pelo antigo Presidente da República, Manuel Teixeira Gomes (1860-1941).

Doadas em momentos diferentes, o núcleo que pertenceu ao poeta conimbricense foi formado enquanto professor de filosofia e, posteriormente, Juíz da Província de Macau. Inclui objetos de porcelana, metal, marfim, jade, madeira, tecidos, pinturas e caligrafia chinesas, entre o séc. III a. C. e o séc. XIX. A coleção de Teixeira Gomes é constituída por frascos de rapé chineses e objetos artísticos japoneses, como os inro, os netsuke e as tsubas.

O núcleo de vidros inclui exemplares dos séculos XVIII e XIX, representativos da produção portuguesa das fábricas de Coina e da Marinha Grande, existindo também um grupo de peças importado de Espanha e de Itália. As técnicas de fabrico abrangem a soflagem livre e em molde, bem como a moldagem através de prensa. A decoração acompanhou o vocabulário das restantes artes decorativas, recorrendo à utilização de douragem, esmaltagem, lapidação, gravações à roda e aplicações em vidro.

Na secção de livro antigo, destacam-se os forais outorgados por D. Manuel I às vilas de Faro e de Pereira do Campo, respetivamente dos anos de 1504 e de 1512, e o livro dedicado à vida da Rainha Santa Isabel, datado de 1592. São diversas as obras de caráter litúrgico, manuscritas e/ou impressas entre o século XVI e o século XVIII, nomeadamente missais e livros de cânticos - entre estes últimos salienta-se o processional cisterciense, manuscrito do século XVII, proveniente do Mosteiro de Celas.